Stichting Proo werkt stichtingsbreed op verschillende beleidsterreinen. Op het bestuurskantoor in Harderwijk wordt door de beleidsmedewerkers inhoud gegeven aan Financieel beleid en Controlling, Personeelsbeleid en HRM, ICT beleid, Onderwijs & Kwaliteit en Communicatie. Het MT bestaat uit de directies van de scholen en bepaalt samen met twee regiodirecteuren en het College van Bestuur het beleid voor de scholen. Op iedere school denkt de MR mee over de beslissingen op schoolniveau. Stichtingsbreed is hiervoor de GMR (gemeenschappelijke medezeggenschapsraad) aangesteld.