Stichting Proo is georganiseerd in een bestuursstructuur met een Raad van Toezicht, College van Bestuur en een Directiestructuur. In het organogram is de organisatie per 1 augustus 2019 geschetst. Per 1 april 2019 is een samenwerking aangegaan met twee organisaties in voortgezet onderwijs en behoort Stichting Proo tot de Aurora OnderwijsGroep.
